روزی شهری ناگهان ناپدید می‌شود. تاکویا، پیک با قرارداد و نسبتاً تنها، با یوکی، تنها بازماندهٔ انقراض شهر، ملاقات می‌کند. آن‌ها به پیامی از پدر یوکی که گم‌شده بود تکیه می‌کنند و به سمت شهر گمشده، لاست، می‌روند. اما موانع غیرمنتظره پیش روست، و واقعیت برای یوکی به‌ویژه شوکه‌کننده است. در برابرشان احساس‌های کسانی که جان خود را از دست داده‌اند، گروهی مرموز که در سایه‌ها دست به کار است و افشای توطئهٔ پنهان وجود دارد. تاکویا و یوکی که در ابتدا غریبه بودند در سفر عمیق‌تر می‌شوند و رمز و راز شهر گمشده را می‌گشایند.