کندی فوجیدو کارمند حقوق بگیر است که همسرش و فرزندش در جنگ بومی نینجا کشته می‌شوند. در مواجهه با مرگ، روحی نامشخص از نینجا به نام نラクو نینجا به صاحب او تبدیل می‌شود. فوجیدو از مرگ می‌تازد و تبدیل بهِ «شکارچی نینجا» می‌شود—سردسته‌ای که برای کشتن نینجان‌های شرور مأمور به جنگی شخصی از جانب باختگی است. این داستان در جهان تاریک زیرزمینی نیمه‌واقعی نیو-سایتاما رخ می‌دهد و نبردی تا آستانه مرگ با نینجاهای ساکای برپا می‌کند.