سیاره‌ای آسمانی به سوی زمین پیش می‌آید و برای جلوگیری از نابودی زمین، سازمان ISA به دنبال یافتن تخم اژدها زیر اقیانوس «اژدونات» را خلق می‌کند. هدف اصلی این سلاح نابودسازی سیاره است، اما به زودی تهدیدهای دیگری نیز پدیدار می‌شود: موجوداتی شبیه به اژدها که به نابودی می‌پردازند. پس از دیدن قتل یکی از این موجودات، جین کامیشی‌نا، پسری تنها و هجده ساله که خانواده‌اش را در سانحهٔ پرواز از دست داده، در رمز و رازهای درون اژدها وارد می‌شود و به عنوان خلبان برگزیدهٔ اژدونات انتخاب می‌شود. در کنار او تاوا، دختری اسرارآمیز که او را از مرگ نجات می‌دهد، به او در سفرش کمک می‌کند.