در دوره میجی، در ژاپن قرن نوزدهم، که به سمت مدرنیزاسیون در حال انتقال است، "گاو سیاه" به بررسی رابطه بین انسان و گاو می‌پردازد، الهام گرفته از "ده تصویر و شعر گاوچرانی"، مجموعه‌ای از اشعار و تصاویر کوتاه از سنت بودیسم زِن که مسیر روشنگری و بیداری روحانی را به تصویر می‌کشد. "گاو سیاه" زندگی مردی را دنبال می‌کند، یک شکارچی-جمع‌آورنده سابق که در فرآیند تبدیل شدن به یک کشاورز و تبدیل شدن به "ژاپنی" در دوره غربی‌سازی کشور در دوره میجی، ارتباط خود را با خدایان طبیعت و روحانیتش از دست می‌دهد. در حال انتقال از زندگی در کوه‌ها به زندگی در مزرعه، یک روز با یک گاو سیاه مواجه می‌شود. او به طریقی موفق می‌شود که حیوان بی‌میل را به خانه‌اش برگرداند و شروع به زندگی با آن می‌کند. گاو، همراه او در زندگی فصلی‌اش می‌شود تا تلاش کند دوباره با طبیعت ارتباط برقرار کند.