چهارده سال پس از تأثیر سوم، شینجی ایکاری به دنیایی بیدار می‌شود که به یاد نمی‌آورد. او پیر نشده است. بخش زیادی از زمین در ویرانی است، NERV از هم پاشیده شده و افرادی که او زمانی از آنها محافظت می‌کرد، علیه او ایستاده‌اند. با دوستیابی به کاوورو ناگیسا، شینجی به مبارزه با فرشتگان ادامه می‌دهد و متوجه می‌شود که این مبارزه هنوز به پایان نرسیده است، حتی اگر ممکن است علیه متحدان سابقش باشد. مبارزات شخصیت‌ها در میان نبردها علیه فرشتگان و یکدیگر ادامه دارد و به سمت آنچه که می‌تواند به طور اجتناب‌ناپذیری پایان جهان باشد، spiraling می‌شود.