پس از اینکه بازرس زنیگاتا از پرونده لوپین کنار گذاشته می‌شود و ناامید می‌شود، دزد ماهر لوپین سوم تصمیم می‌گیرد به او کمک کند تا شغل قدیمی‌اش را دوباره به دست آورد و با این مرد پیر برای نابود کردن قاچاقچیان سلاح بین‌المللی شات شل همکاری می‌کند. به همراه شرکای قدیمی‌اش در جرم، آنها یک زیردریایی هسته‌ای روسی را می‌دزدند و از یک فیزیکدان هسته‌ای به نام کارن کمک می‌گیرند که به طرز مشکوکی به شریک لوپین، جیگن، نگاه می‌کند. اگر این کافی نبود، جانشین اینترپل زنیگاتا یک قاتل است که قصد دارد باند لوپین را یکی یکی از بین ببرد.